Sistem pencernaan adalah seperangkat organ yang berkontribusi terhadap pencernaan. Ini pada dasarnya terdiri dari tabung (membuka depan melalui mulut dan kembali melalui anus) dan kelenjar lampiran. Ini dibagi menjadi rongga yang strukturnya berbeda sesuai dengan makanan hewan (pada mamalia: kerongkongan, lambung, usus; pada burung: kerongkongan, tanaman, ampela, usus).
Sistem pencernaan melakukan semua transformasi mekanis dan kimia yang diperlukan untuk makanan yang dicerna untuk diubah menjadi nutrisi dan kemudian diserap, artinya masuk ke dalam darah.